La Ceiba fue fundada por 20 familias pobres de etnia PECH, siendo los primeros en irse a vivir debajo de las ramas de un enorme árbol llamado Ceiba, que estaba ubicado en donde actualmente hoy es el edifico de la Aduana. Al descubrir los beneficios que radicaba ubicarse bajo aquel árbol de Ceiba con aquellas enormes ramas que formaban un techo verde, el cual les beneficiaba, ya que los defendía de las prolongadas lluvias, y de los rayos solares de los ardientes veranos.
Estas 20 familias de origen indígenas PECH se vieron en la obligación de irse a vivir debajo de las ramas de aquel árbol llamado Ceiba, por ser discriminados por los campesinos olanchanos. De aquí el dicho que los olanchanos son los perseguidores de los Ceibeños.
La ciudad de la Ceiba fundada aproximadamente en el año de 1835.
La Ceiba fue elevada de categoría de categoría de municipio un 23 de agosto de 1877.
El 24 de julio de 1893 La Ceiba deja de ser aldea y es declarada por el congreso nacional como ciudad-puerto dependiendo de la administración del puerto de Trujillo.
Ya para el 12 de febrero de 1902, mediante el decreto del congreso nacional numero 51 se crea el departamento de Atlántida, siendo la ciudad de La Ceiba cabecera del mismo. No obstante anteriormente La Ceiba formo parte del departamento de Yoro.
La Ceiba tuvo su apogeo comercial entre los años de 1890 a 1940, años en los cuales se desarrolla este apogeo en todo el litoral atlántico debido a la ascendente comercialización del banano.
La producción bananera en el litoral Atlántico a finales del siglo XIX fue tan rentable, que esto motivo a 20 compañias norteamericanas que compraban las frutas en los siguientes embarcaderos:
Cuero y salado barra
Juan López (El Porvenir)
Rio Cangrejal (La Barra y La Barra del Estero)
Balfate
Otro hecho importante fue el impresionante desarrollo agrícola y comercial que se inicia en el Municipio De La Ceiba a partir de 1872. Este desarrollo agrícola e industrial en el litoral Atlántico generando un impresionante movimiento comercial que atrae un gran un números de personas que provenían no solo del interior del país, sino también extranjero, provenientes de los siguientes países: Cuba, Italia, India, España, Francia, Etc.
No obstante en Ciudad de La Ceiba no todo solo ha sido gloria, ya que en la ciudad de La Ceiba ha ocurrido una serie de acontecimiento que solo en esta ciudad de Honduras han sucedido, tal como los famosos incendios, de los cuales han estado a punto de desaparecer a la ciudad.
El primero de ellos que tuvo su suceso el 14 de agosto de 1884, en el cual fue destruida toda la ciudad de La Ceiba, según todos los periódicos que estaban en esta época.
El 23 de julio de 1903 y el del 7 de marzo de 1914 destruyeron 17 manzanas del centro comercial de la ciudad de la ceiba. Y un último, el cual es el más mortal de estos cuatro, que ocurrió el 28 de febrero de 1924, del cual muere un aproximado de 8 mil personas.